Genalkurmay Başkanı İlker Bağbuğ'un darbe planlarından haberi olduğuna inanmadığını da belirten Pakdemirli, "Sayın Başkan'ın bir görevi var; o da milletinin bir kısmını düşman olarak görüp senaryo (!) düzenleyenleri, en kısa zamandan ordudan uzaklaştırmaktır. Ayrıca Anayasa'nın değiştirilerek, asker kişilerin meslekleri dışındaki eylemlerinin sivil yargıda görülmesini desteklediğini hükümete uygun platformda iletmelidir." dedi.
Pakdemirli,  yazısında, Genelkurmay Başkanı Başbuğ'un, "Balyoz" darbe planıyla ilgili açıklamalarına değindi. Konuşmanın duygusallığının ağır bastığına dikket çekerek, "Sayın Başbuğ, bilgi sızdıranlar hakkında kovuşturma yaptıklarını söylüyor. Demek bu bilgiler Genelkurmay'da var. Eğer büyük bir düzmece oyun senaryosu yoksa böyle bir plan yapılmış; tabii ki 2003 yılında, yani İlker Başbuğ'un tümgeneral olduğu döneme rastlıyor." şeklinde konuştu.

Bir harp oyunu süreci içinde çeşitli senaryolar bulunmasının normal olduğunu belirten Ekrem Pakdemirli, şunları kaydetti: "Hemen hemen her yıl bir harp oyunu düzenlenir ve içinde çeşitli senaryolar vardır. Düşman kuvvetler mavi, dost kuvvetler kırmızı diye adlandırılır. Düşman olarak, bir devlet veya millet ismi geçmez. Hayali düşman subayları, erleri, varsa sivilleri isimlendirilmez; mavi 1, 2, 3…diye kodlanır. Hiçbir harp oyununda mabede saldırı senaryosu yoktur. Darbe içinde tutuklanacak gazeteci, hukukçu, öğretim elemanı, imam yoktur. Ne oldu da yıllardır yaptığımız bu harp oyunlarında bir hükümeti devirme, darbe gün ve saatiyle, tutuklanacak insanlar adlarıyla listeleniyor? Bu fişleme, 'andıç' adı altında yazılı belge haline getirilmedi mi? Bu belge, bütün üst kademe komutanlara servis edilmedi mi? Ortalık karıştırılıp darbeye zemin hazırlamak için Müslüm'ler, Fadime'ler konu mankeni olarak kullanılmadı mı? Bu kimselerin İslâm'la yakından uzaktan ilgileri yoktu ama amaca ulaşmak için konu mankeni seçildiler."