Ayasofya Camii, Bediüzzaman İstanbul’da bulunduğu yıllarda namaz kıldığı birkaç camiden biridir. Bir keresinde namazdan çıktıktan sonra o zamanlarda, Mısır Câmiü’l-Ezher Üniversitesi reislerinden meşhur Şeyh Bahît Efendi, İstanbul’a bir seyahat için geldiğinde, İstanbul’da bulunan Bediüzzaman Said Nursî’yi ilzam edemeyen İslâm ulemâsı, Şeyh Bahît’ten bu genç hocanın ilzam edilmesini isterler. Şeyh Bahît de, bu teklifi kabul ederek bir münâzara zemini arar. Ve bir namaz vakti, Ayasofya Câmiinden çıkılıp çayhâneye oturulduğunda, bunu fırsat telâkkî eden Şeyh Bahît Efendi, Bediüzzaman Said Nursî’ye hitâben: Matekulu fi hakkil avrupaiyyeti vel Osmaniye” Yani, "Avrupa ve Osmanlı Devleti hakkında ne diyorsunuz? Fikriniz nedir?" diye sorar.

Şeyh Bahît Efendi Hazretlerinin bu suâlden maksadı Bediüzzaman Said Nursî’nin şek olmayan bir umman denizi gibi ilmini ve ateşpâre zekasını tecrübe etmek değildi. Zaman-ı istikbâle âit şiddet-i ihâtasını ve idâre-i âlemdeki siyâsetini anlamak fikrinde idi.

Buna karşı Bediüzzaman’ın verdiği cevap şu oldu: "Avrupa bir İslâm Devletine, Osmanlı Devleti de bir Avrupa devletine hâmiledir. Bir gün gelip doğuracaklardır."
Bu cevaba karşı, Şeyh Bahît Hazretleri, "Bu gençle münâzara edilmez. Ben de aynı kanaatte idim; fakat bu kadar veciz ve beliğâne bir tarzda ifâde etmek, ancak Bediüzzaman’a hastır" demiştir.

Nitekim, Bediüzzaman’ın dediği gibi, ihbarâtın iki kutbu da tahakkuk etmiş. Bir iki sene sonra Meşrûtiyet devrinde, İslami şeaire muhâlif çok ecnebi adetlerini almak ve gittikçe Türkiye’de yerleştirmekle; ve şimdi Avrupa’da Kur’ân’a ve İslâmiyete karşı gösterilen güzel  alâka ve bilhassa bahtiyar Alman milletinde fevc fevc İslâmiyeti kabul etmek gibi hâdiseler, o ihbarı tamamıyla tasdik etmişlerdir.

Afyon Emirdağ’da meskunken insanları aldattığından dolayı suçlanan Bediüzzaman savunmasında Ayasofya’da elli bin adama nutkunu dinlettirerek ortalığı yatıştıran bir insandır. Böyle bir adam üç sene Emirdağ’da çalışsın, yalnız beş on adamı kandırsın ve âhiret işini bırakıp siyaset entrikalarıyla uğraşsın, yakın olduğu kabrine nurlar yerine lüzumsuz zulmetler doldursun. Hiç kabil midir? Elbette şeytan dahi bunu kimseye kabul ettiremez, der.

Bediüzzaman Otuz Bir Martta, Sıkı Yönetim Mahkeme’sindeki savunmasını cinayetler şeklinde anlatır. Bunlardan ikincisi şöyle: “Ayasofya’da, Bayezid’de, Fatih’te, Süleymaniye’de umum ulema ve talebeye hitaben müteaddit nutuklar ile Şeriatın ve müsemma-i meşrûtiyetin münasebet-i hakîkiyesini izah ve teşrih ettim ve mütehakkimane istibdadın Şeriatla bir münasebeti olmadığını beyan ettim. Şöyle ki:
Seyyid ül Kavmi hadimühüm hadîsinin sırrıyla, Şeriat aleme gelmiş; ta isbibdadı ve zalimane tahakkümü mahvetsin. Herhangi bir nutuk îrad ettim ise, herbir kelimesine kimsenin bir itirazı varsa, bürhan ile ispata hazırım. Ve dedim ki: Asıl şeriatın meslek-i hakikisi, hakîkat-i meşrûtiyet-i meşrûadır. Demek, meşrutiyeti, delail-i Şer’iye ile kabul ettim, başka medeniyetçiler gibi taklidî ve hilaf-ı Şeriat telakkî etmedim ve Şeriatı rüşvet vermedim. Ve ulema ve Şeriatı Avrupa’nın zünûn-u fasidesinden iktidanma göre kurtarmaya çalıştığımdan, cinayet ettim ki, bu tarz muamelenizi gördüm.”

Ayasofya Camiinde ulema ve talebeye nutuk vermiş ve aşağıdaki bir kitap olacak cümleleri sarfetmiştir. Bediüzzaman bizim cumhuriyetimizin ön ayaklarından ve onu haber veren iki meşrutiyeti özellikle yaşadığı ikinci meşrutiyeti savunur. Dine aykırı diye yorumlanan meşrutiyeti incelikli bir şekilde tahlil eder ve şeriata aykırı telakki edilen meşrutiyete alimleri ve talebeyi hazırlar. Ve bu büyük hizmetinden dolayı bizim maksatlı tarihçilerimiz tarafından tahrikçi gösterilir, bu kadar olayı tersinden okumak ancak bizim tarihten bibehre bir takım tarihçilerimizin görüşü olabilir.

Bu olumsuz hüküm hala birileri tarafından tekrarlanır durur. Halbuki onun hem yaşadığı ve öldükten sonra fikirleri doğrultusunda Türkiye dengeli bir demokratik ülke olmuştur o eğer radikal İslamcılar gibi, otuz bir mart mantığındaki adamları gibi olsaydı bugün Türkiye bir Libya, Mısır daha kötü bir ülke durumundaydı. E artık demokrasi tarihimizi yeniden yazmak zamanı gelmedi mi arkadaşlar, öyle değil mi?

Dördüncü cinayeti benzetmesinde Ayasofya’da mevlid sırasında konuştuklarını daha net anlatır. Camide mebuslara milletvekillerine nasihat eder. “Avrupa, bizdeki cehalet ve taassup müsaadesiyle, Şeriatı-haşa ve kella-istibdada müsait zannettiklerinden, nihayet derecede kalben üzülmüştüm. Onların zannını tekzib etmek için, meşrûtiyeti herkesten ziyade Şeriat namına alkışladım. Lakin yine korktum ki, başka bir istibdat tekrar o zannı tasdik eder diye, ne kadar kuvvetim varsa Ayasofya Camiinde mebusana hitaben feryat ettim. Ve söyledim ki:
Meşrûtiyeti meşrûiyet ünvanı ile telakki ve telkin ediniz; ta yeni ve gizli ve dinsiz bir istibdat, pis eliyle o mübareği ağrazına siper etmekle lekedar etmesin. Hürriyeti adab-ı Şeriatla takyîd ediniz; zîra cahil efrad ve avam insanlar  kayıtsız hür olsa, şartsız tam serbest olsa, sefih ve itaatsiz olur. Adalet namazında kıbleniz dört mezheb olsun; ta ki namaz sahîh ola. Zîra, meşrutiyetin hakikatlerinin  sarahaten ve zımnen ve iznen, dört mezhebden istihracı mümkün olduğunu dava ettim.”

Bu konuşma cumhuriyetin de savunmasıdır, hem de bizde cumhuriyetin ilanından yirmi yıl önce. Fakat o cumhuriyet tek parti idaresidir, ta Menderes gelinceye kadar demokrasiyi bizzat iltihaplı ve infilaklı anlarda savunmak ancak Bediüzzaman’a hastır. Burada Bediüzzaman’ın kehaneti çıkmış, Sultanı ilga eden mantık daha sonra görülmemiş bir istibdadı uygulamış bu 1946’ya kadar devam edip gitmiştir. Hürriyetten habersiz zihinlerin hürriyet yerine kendi istibdadlarını hürriyet diye ortaya koyması böyle olmuştur.

Bediüzzaman eserlerinde mimari konularla imani konular arasında empatiler tesis ederken mimari metaforlarını kullanır, bunlardan biri de Ayasofya camiidir. Ayasofya’yı sever, beş yüz yıl camii olarak hizmet eden bu mübarek mekanın puthaneye çevrilmesine isyan eder ve açılması için gerekenleri yapar.