Programın uygulanacağı okullar Millî Eğitim Bakanlığı’nca belirlenerek koordinasyonu Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı tarafından yapılacak. Özel öğretim kurumları programa eşdeğer süt veya süt ürünü tüketilmesini sağlamaları halinde, velinin isteği esas alınarak kurum yönetiminin kararı doğrultusunda programın kapsamı dışında tutulabilecek. Öğrenci velileri, öğretmenler, aile hekimleri veya sağlık kurumlarınca süte karşı duyarlılığı tespit edilen öğrenciler, okul yönetimleri tarafından uygulama dışında tutulacak. Okul sütlerinin alımı, yurtiçinden temin edilen çiğ sütlerden Gıda İşletmelerinin Kayıt ve Onay İşlemlerine Dair Yönetmelik kapsamında onay belgesi veya eşdeğer belgeye sahip ve ülke içinde UHT içme sütü üretimi yapan gıda işletmelerinden, Kamu İhale Kanunu ve ilgili mevzuata göre Bakanlıkça yapılacak. Dağıtımı yapılacak olan okul sütü ambalajlarının şekli ve üzerinde yer alması gereken hususlar bakanlığın koordinasyonunda Sağlık Bakanlığı ve Millî Eğitim Bakanlığı ile işbirliği yapılarak belirlenecek.

Okul sütü üretimi yapılan illerde, il gıda, tarım ve hayvancılık müdürlüklerince sütlerin her bir partisinden numune alınacak, numunelere ait analiz sonuçları, bakanlığa ve teslimi yapılacak illerdeki il gıda, tarım ve hayvancılık müdürlüğüne gönderilecek. Teknik şartnameye uygun olduğu halde, okulların kayıtlı öğrenci sayılarındaki değişiklik, öğrenci devamsızlığı, resmi tatil, hava koşulları, mahalli düzeyde eğitime geçici olarak ara verilmesi gibi çeşitli nedenlerle dağıtımı yapılamayan sütler il okul sütü komisyonlarınca, öncelik veli izni olan diğer kurumlardaki öğrenciler olmak üzere mahallinde değerlendirilecek. Uygulamaya göre yapılacak ödemeler, genel bütçeden bakanlığa tahsis edilen ödenekten karşılanacak. Program ile ilgili ödemelerde ve diğer hususlarda denetimi sağlayacak tedbirleri, programdaki sorumluluklarına göre Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı, Millî Eğitim Bakanlığı ve Sağlık Bakanlığı alacak.

Zaman