31 Ağustos 1943 Salı günü Bediüzzaman’ın Araba Pazarı semtindeki evini basarak arama yaparlar. Aramada eserler yakalanır, daha sonra tevkif edilerek Ankara’ya götürülmesine karar verilir. Bediüzzaman Kastamonu Olukbaşı karakolundan ayrılıp da polis nezaretine Ankara’ya giderken polislere hitaben, “O Mithat’a söyleyin, benim eski ve yeni yazı ile yazılı müdafaalarımı peşimden göndersin” diyerek otobüse biner.
Ziya Dilek yolculuğu anlatır: “Ilgaz’daki memuriyetime gitmek için otobüsüme binmiştim. Olukbaşında polis ve jandarma tarafından otobüs durdurularak arabanın arkasında üç kişilik yer ayırdılar. Buraya Bediüzzaman Hoca Efendi’yi yerleştirdiler. Otobüs hareket edince yetmiş yaşında bir ihtiyar ve hasta olan Hoca Efendi rahatsızlandı. ‘Beni madem siyasi mücrim kabul ediyorlar, hususi bir taksi ile gönderilmem lazımdır’ deyince ikinci koltukta hemen yanımda oturan bir asker ‘ben buradan kalkıyorum. Hocam siz buyurun’ dedi. Böylece askerle hocanın yerini değiştirdiler. Bediüzzaman yanındaki Ziya’ya ‘arkadaşlarına müjdeyi ver merak etmesinler. Mahkum olmayacağız. Ya mütareke veya musalaha edeceklerdir’ dedi.
Şöför Efendi’ye söylerseniz acaba makineyi durdurur mu? Dinde cebir yoktur. Arabadakilere bir nasihatim var’ deyince arabayı durdurdu. Arabadakilere hitaben söyledi: ‘Bu gece büyük ihtimal Leyle-i Kadirdir. Diğer günlerde Kur’an okunursa harf başına on sevap, Ramazanda okunursa bin sevap, leyle-i Kadir’de okunursa otuz bin sevap verilir. Size şimdi şu işi yaparsanız beş sarı lira var, bunu kazanmak ister misiniz? Yolcular, ‘Evet isteriz’ diye cevap verince, bu fani hayatta beş sarı lira kazanmak için bütün gücünüzü ve enerjinizi sarfediyorsunuz. Sonsuz ebedi bir hayat için dağarcığınıza azık hazırlamak ister misiniz?’ Yolcular, ‘Evet isteriz’ deyince Bediüzzaman ‘Öyle ise şimdi her Müslüman üç ihlas bir Fatiha bir ayetel kürsi okursa ebedi hayat için dağarcığına azık hazırlamış olur’ dedi.
“Şöför Rizeli Lütfü ve diğer yolcular ‘Allah razı olsun Hocam sizden’ dediler. Az sonra iftar vakti girdi. Ilgaz meşhur çamlığındaki subaşında otobüs iftar molası verdi. Orada Hoca Efendi’ye belediye tarafından verilen azık ile bizimkini değiştirdik. Ve öyle iftarı yaptık. Akşam namazını da beraber kıldık. Ilgaz da Hoca Efendi’den ayrıldım ve işime gittim. Fakat bir müddet sonra beni de tevkif ettiler. Denizli’ye sevkettiler. Ben Denizli’ye gittiğimde henüz Hoca Efendi’yi getirmemişlerdi. Hapishanedeki arkadaşlar merakla ‘Üstad hazretlerini gördünüz mü’ diye sorunca hatırıma Ilgaz yolunda arabada yazdırdığı ayet geldi. Onu çıkarıp onlara okudum. ‘Sabreyle başına gelecek kaza-yı Rabbaniyeye teslim ol. Sen inayet gözü altındasın. Merak etme. Gecelerde tesbih ve tahmidata devam eyle.’
Çankırı yoluyla Ankara’ya getirilir Bediüzzaman. Ankara’da vali Nevzat Tandoğan vilayette Said Nursi ile görüşmek ister. Selahattin Çelebi vilayette Tandoğan’ın odasının önündedir. Memurlar Bediüzzaman’ı getirirler, beraberce içeri valinin odasına girdiler, sonra memurlar çıkar kapı kapanır, içeriden şiddetli sesler gelir. Sonra zil çalar kapıcı içeri girer. Bu sırada Bediüzzaman hiddetle Tandoğan’a “Ben sizin ecdadınızı temsil ediyorum. Münzevi yaşıyorum. Kıyafet kanunu münzevilere tatbik edilmez. Ben dışarı çıkmıyorum. Beni icbarla siz çıkarıyorsunuz. Başından bul” diyordu.
Bediüzzaman Tandoğan’a “Bu sarık bu başla beraber çıkar” tarzında konuşur. Bediüzzaman İslami kıyafette asla taviz vermez. Oradan Denizli’de hapishaneye götürülür.
Ankara’da içlerinde Diyanet İşleri Müşavere Kurulu azasından Profesör Yusuf Ziya Yörükhan, Necati Lügal, Tarih kurumundan Yusuf Aykut’dan oluşan heyet eserleri satır satır tetkik eder. “Bediüzzaman’ın siyasi faaliyeti yoktur” diye karar verirler.