Eleştirme yoluyla düşünme bize modern algının öğrettiği bir yöntemdir.
Bu nedenle, yeniden düşünce inşası zor ve uzun bir yoldur.
Modern düşünce, eleştirisini de düşüncenin içinde ilerletmek üzerine gelişir.
Bu, ulaşılan gerçekle saçmanın ya da yanlışın da çoğu zaman karışmasına neden olur.
Bediüzzaman'ın ‘bâtılı, hakikat içinde tasvir etmenin zihin karışıklığına neden olduğu’ ifadesi modernizme karşı yeni bir yöntem üretmesiyle karşılığını bulmuştur.
Risale düşüncesinin yolu mücerreddir. Buna göre, doğrudan gerçeği hedef almıştır; bâtılın ayrıntısını ya da kafalardaki gerçeğin yalanla ve saçmayla birlikte anılmasını engellemiştir.
Risaleleri okuyan, soruyu sormasa da cevabını bulabilir. Kafasındaki şüphe ve vesveseleri izale ederken bir zihni ayıklamaya ihtiyaç bırakmaz.
Modernizmin çoğu zaman hakikat diye bâtıla yapışması; ya da gerçeği ararken eline yalan geldiğinde gerçek diye sarılması; aynı şekilde, küfür ve yalan eleştirisi üzerinden îmanı iç içe anlamlandırmaya çalışan modern müminlerin düştüğü kimi hatalar bu karışımı düşünme yöntemi olarak seçmelerindendir.
Risale-i Nurların îman hakikatlerini münakaşa tarzıyla değil, müzakere biçimiyle ele alması (içsel diyalektiğin bu anlamda reddi) modern düşünce karşısındaki en büyük gücüdür. Çünkü 'îman bir hüsn-ü mücerred ve münezzehtir' yani bir karışımın eseri değildir.
Bunun için akıl, iz'ân ve insaf hakikatin kuşatılması için gerekli şartlardır.
Bu şekilde modern kafaların şüpheye veya inkâra düştükleri aynı yerlerde îmanın ışığını ortaya çıkarabilecek bir bilinç ve sistem üretilebilmiştir.
Risalelerin açıklık ve netlik (soyut gerçeği) üzerine kurulu düşünme ve ifade biçimi ile birçok vartalar hissettirilmeden atlatılmış (çoğu zaman uğramadan, yeni yollar bulunmuş, ya da hakikate balonla ulaşır gibi ulaşılmıştır) ve yollar kısaltılmıştır.
Aradaki boşluklar üzeri kapatılarak ya da sıvanarak değil; bizzat yeniden üretilerek büyük gerçekliğe katılmıştır.
'Allah hakkında hiç şüphe olur mu?' hakikatinin büyük ispatı bu şekilde eserlerin tümüne bir tavır ve dil olarak katılmıştır.