Belgenin, Genelkurmay Harekât Başkanlığı Bilgi Destek Dairesi 3. Bilgi Destek Şube Müdürlüğü'nde hazırlandığı iddia ediliyordu. 4 ayrı kurumdan alınan bilirkişi raporunda belgenin altındaki imzanın Çiçek'in imzasına benzediği belirtildi. Ancak dosya kapatıldı. Çiçek'in farklı imza atmasının nedeni de araştırılmadı.

Darbe günlükleri: Genelkurmay Askerî Savcılığı, Ergenekon soruşturmasının ikinci iddianamesinde ana suçlama olarak yer alan Özden Örnek'e ait 'darbe günlükleri'ne ilişkin soruşturma açmadı. Askerî savcılık, darbe günlüklerini görmezden geldi. Aksine Nokta Dergisi'nin genel yayın yönetmeni Alper Görmüş hakkında 'iftira ve hakaret suçundan' dava açıldı. Görmüş beraat etti. Görmüş'ün avukatı Ümit Kardaş, Genelkurmay'a dilekçe yazarak, soruşturma yapılmasını talep etti. Kardaş'a şu cevap verildi: "Konuyla ilgili tutarlı bilgi, belge bulunmadığından hiçbir şey yapılmamıştır."

Nokta dergisi basıldı: Nokta Dergisi, Nisan 2007'de 'Genelkurmay'ın 2004'teki STK'larla işbirliği planını açıklıyoruz." başlığıyla bir haber verdi. Genelkurmay Askerî Savcılığı, Nokta'nın bilgisayarlarına el konulmasını istedi. Ancak mahkeme bilgisayarlardaki bilgi ve belgelerin kopyalanmasına karar verdi. Askerî savcılık, belgenin içeriğinden çok sızdıranı bulmaya yönelik soruşturma yaptı.

'Hipnozlu sorgu'nun iddianamesi hazırlanmadı: Kayseri'de gözaltına alınan astsubaylara hipnoz uygulanarak sorgulama yapıldığı iddia edildi. İşkenceyle ifadesi alınan Astsubay Ali Balta hakkında 7 ay geçmesine rağmen iddianame hazırlanmadı.

Dağlıca ve Aktütün araştırılmadı: 16 askerin şehit olduğu Dağlıca baskınının istihbarat bilgisinin, baskından dokuz gün önce 'ivedi' kaydıyla yetkili birimlere ulaştırıldığı iddia edildi. Ancak TSK konuyla ilgili derinlemesine bir araştırma yapmadı.
Zaman