Bediüzzaman yeni felsefenin bir filozofudur. Onun kadim felsefeyi nasıl din ile ilimin karışımı bir metine çevirdiğine eserlerinde sayısız örnekler vardır. Mesela aşağıdaki metinde:

Sevr ve Hût, arzın mahrek-i senevîsinde mukadder olan iki burçtur. O burçlar, eğer çendan farazî ve mevhumedirler. Asıl ecramı nazm ve rapt ile yüklenmiş olan âlemde cârî ve lâfzen ve ıstılahen "câzibe-i umumîye" ile müsemmâ olan âdâtullahın kanunu o burçlarda temerküz ve tahassul ettiğinden, "Arz burçlar üstündedir" olan tâbir-i hakîmâne caizdir. Bu mahmil, hikmet-i cedide nokta-i nazarındadır. Zira, hikmet-i atika, burçları semada; hikmet-i cedide ise, medâr-ı arzda farz etmişlerdir. Bu tevil, yeni hikmetin nazarında büyük bir kıymeti tazammun eder. (Muhakemat)

Astronomi Bediüzzaman’ın en çok istimal ettiği bir yeni felsefe sahasıdır. Soyut anlamda ilim hikmetini düşünmez, dünyanın güneşin etrafında döndüğünü söyler. Bediüzzaman ise bu hareketin bir adetullah yani Allah’ın irade ve hikmeti ile hareket ettiğini ifade eder.

İlim "Âlemde adem-i mutlak yoktur. Ancak terekküp ve inhilâl vardır" diye ifrat ve hatâ etmiştir. Çünkü, âlemde Cenâb-ı Hakkın sun'uyla terkip vardır. Allah'ın izniyle tahlil vardır. Allah'ın emriyle icad ve idam vardır.
يَفْعَلُ اللهُ مَا يَشَۤاءُ وَيَحْكُمُ مَا يُرِيدُ

Bu metinde Bediüzzaman ilimin yanlış telakkisini düzeltir. Allah’ın sun'uyla yani yerinde ve uyum içinde yaratması ile varlıklar vardır. Çünkü o fiillerinde bağımsızdır. Ayetteki mayeşa ve yürid kelimeleri bu hakikatı izah eder. Yani O'nun yaratma gereği ki mayeşa onun yapmak, yaratmak, öldürmek hepsi O'nun bileceği iştir. İlim bu konuda O'nu sınırlayamaz. İbrahim suresindeki “Allah dilediğini yapar” bu manadadır.

"Ekser embiya şarkta ve ekser hükema garpta gelmesi gösteriyor ki, Şarkın terakkiyatı din ile kaimdir. Başka vilâyetlerde sırf fünun-u cedide okutturursanız da, Şarkta herhalde millet, vatan maslahatı namına, ulûm-u diniye esas olmalıdır. Yoksa Türk olmayan Müslümanlar, Türke hakikî kardeşliği hissedemeyecek. Şimdi bu kadar düşmanlara karşı teavün ve tesanüde mecburuz."

Şimdi ben zehir hastalığıyla ziyade rahatsız vaziyette ve çok ihtiyarlık sebebiyle elli beş senelik bir gaye-i hayatımı görüp takip etmekten mahrum kaldığım gibi, Ankara'ya gidip şark terakkiyatının anahtarı olan bu müesseseye çalışanları ruh u canımla tebrik etmekten dahi mahrum kalıyorum.

Yalnız, otuz beş sene evvel Ebuzziya Matbaasında tab edilen Münazarat ve Saykalü'l-İslâmiye namındaki eserim, elbette Maarif Vekilinin nazarından kaçmamış. Benim bedelime o eser konuşsun. Ben hayatımdan ümidim kesilmiş gibiyim. Fakat o azîm üniversitenin temelleri ve esasatı ve mânevî bir programı ve muazzam bir tedrisatı nevinden, Risale-i Nur'un yüz elli risalesini kendime tevkil ediyorum. Bu vatan ve milletin istikbalinin fedakâr genç üniversite talebelerine ve maarif dairesine arz edip bu meselede muvaffakiyete ..medar olur ümidindeyim.”

Yüz yıldan fazlı bir süre önce mutad ilimin kainata, olaylara ve ilimlere bakış açısının zarar verdiğini söyler ve yapmak istediğini anlatır. Aradan bu kadar zaman geçmiş bir müslüman ülkede hala ilim "yapılmıştır, yaratılmıştır" yerine öznesiz cümleler kurmuştur. Bu da insanların dinsiz yetişmesine ve ateizmin yayılmasına neden olmuştur. Bizden de kimse eğitimi ve dini etkileyen bir insan çıkmadığından bu ihmal devam edip gider.

Aşağıdaki metinde de yeni hikmet ile eski hikmetin semavat hakkındaki bakış açılarını karşılaştırır ve doğru olanı anlatır. Yine garbi hikmetin, felsefenin yanlışlarını tashih eder. O felsefeden en büyük inkılabı yapmış insandır. Vaesefa bizlere...

Ve hikmet-i cedide namı verilen yeni felsefe ise, eski felsefenin mürur ve ubûra ve hark ve iltiyâma kabil olmayan, semâvât hakkındaki ifratına mukabil tefrit edip, semâvâtın vücudunu adeta inkâr ediyorlar. Evvelkiler ifrat, sonrakiler tefrit edip, hakikati tamamıyla gösterememişler.

Kur'ân-ı Hakîmin hikmet-i kudsiyesi ise, o ifrat ve tefriti bırakıp, hadd-i vasatı ihtiyar edip der ki: Sâni-i Zülcelâl yedi kat semâvâtı halk etmiştir. Hareket eden yıldızlar ise, balıklar gibi semâ içinde gezerler ve tesbih ederler. Hadiste اَلسَّمَۤاءُ مَوْجٌ مَكْفُوفٌ denilmiş. Yani, "Semâ, emvâcı karardâde olmuş bir denizdir." İşte bu hakikat-i Kur'âniyeyi yedi kaide ve yedi vecih mânâ ile gayet muhtasar bir surette ispat edeceğiz.
Birinci kaide: Fennen ve hikmeten sabittir ki, bu haddi yok feza-yı âlem, nihayetsiz bir boşluk değil, belki "esir" dedikleri madde ile doludur.

İkincisi: Fennen ve aklen, belki müşahedeten sabittir ki, ecrâm-ı ulviyenin câzibe ve dâfia gibi kanunlarının rabıtası ve ziya ve hararet ve elektrik gibi maddelerdeki kuvvetlerin nâşiri ve nâkili, o fezayı dolduran bir madde mevcuttur.

Üçüncüsü: Madde-i esiriye, esir kalmakla beraber, sair maddeler gibi muhtelif teşekkülâta ve ayrı ayrı suretlerde bulunduğu tecrübeten sabittir. Evet, nasıl ki buhar, su, buz gibi havâî, mâyi, câmid üç nevi eşya aynı maddeden oluyor. Öyle de, madde-i esiriyeden dahi yedi nevi tabakat olmasına hiçbir mâni-i aklî olmadığı gibi, hiçbir itiraza medar olmaz.

Eğer hür fikirsen, bu felsefenin şerrine bak: Nasıl ezhanı esaretle sefalete atmıştır. Aferin hürriyetperver olan hikmet-i cedidenin himmetine ki, o müstebid hikmet-i Yunaniyeyi dört duvarıyla zîr-ü zeber etmiştir. Demek muhakkak oldu ki, âyâtın delâil-i i'câzının miftahı ve esrar-ı belâğatın keşşafı, yalnız belâğat-ı Arabiyenin madenindendir. Yoksa, felsefe-i Yunaniyenin destgâhından değildir.
Ey birader! Vaktâ ki keşf-i esrar merakı bizi şu makama kadar getirdi. Biz de seni beraber çektik, seni tâciz ettik. Hem senin çok yorgunluğunu dahi bilir

Neşrettiğim fihriste-i makasıddan terk ettiğim bir fıkradır. Şöyle ki:
Zahiren hariçten cereyan eden maarif-i cedidenin bir mecrâsı da bir kısım ehl-i medrese olmalı. Ta gıll ü gıştan tasaffi etsin.
Zira, bulanıklığıyla başka mecrâdan taaffün ile gelmiş. Ve atâlet bataklığından neş'et ve istibdat sümumu ile teneffüs eden ve zulüm tazyikiyle ezilen efkâra bu müteaffin su, bazı aksü'l-âmel yaptığından, misfat-ı şeriat ile süzdürmek zarurîdir. Bu da ehl-i medresenin dûş-u himmetine muhavveldir.

Yirmi Sekizinci Pencere, Bediüzzaman’ın din ile ilmi birleştirdiği bir hikmet-i cedidedir. Bediüzzaman’ın hikmet-i cedidesi veya yeni felsefesi diye bir kitap çok hacimli bir eser olabilir.

Şu kâinata bakıyoruz, görüyoruz ki: Hüceyrat-ı bedenden tut, tâ mecmu-u âleme şamil bir hikmet ve tanzim var. Hüceyrat-ı bedene bakıyoruz, görüyoruz ki: Mesalih-i bedeni gören ve idare eden birisinin emriyle, kanunuyla o küçücük hüceyrelerde ehemmiyetli bir tedbir var. Mideye, nasıl bir kısım rızk, iç yağı suretinde iddihar olunup vakt-i hacette sarfedilir. Aynen o küçücük hüceyrelerde de, o tasarruf ve iddihar var. Nebatata bakıyoruz, gayet hakîmane bir terbiye, bir tedbir görünüyor. Hayvanata bakıyoruz; nihayet derecede kerimane bir terbiye ve iaşe görüyoruz. Kâinatın erkân-ı azîmesine bakıyoruz; mühim gayeler için haşmetkârane bir tedvir ve tenvir görüyoruz. Âlemin mecmuuna bakıyoruz; muntazam bir memleket, bir şehir, bir saray hükmünde âlî hikmetler, galî gayeler için mükemmel bir tanzimat görüyoruz. (Otuzikinci Söz'ün Birinci Mevkıfında izah ve isbat edildiği üzere) bir zerreden tut, tâ yıldızlara kadar zerre mikdar şirke yer bırakmıyor. Öyle birbirlerine manen münasebetdardırlar ki; bütün yıldızları müsahhar etmeyen ve elinde tutmayan, bir zerreye rububiyetini dinlettiremez. Bir zerreye hakikî Rab olmak için, bütün yıldızlara sahib olmak lâzım gelir. Hem (Otuzikinci Söz'ün İkinci Mevkıfında izah ve isbat edildiği üzere) semavatın halk ve tesviyesine muktedir olmayan, beşerin sîmasındaki teşahhusu yapamaz. Demek bütün semavatın Rabbı olmayan, bir tek insanın sîmasındaki alâmet-i farika olan nakş-ı sîmavîyi yapamaz. İşte kâinat kadar büyük bir pencere ki; onunla bakılsa اَللّٰهُ خَالِقُ كُلِّ شَيْءٍ وَهُوَ عَلٰى كُلِّ شَيْءٍ وَك۪يلٌ لَهُ مَقَال۪يدُ السَّمٰوَاتِ وَ الْاَرْضِ âyetleri, büyük harflerle kâinat sahifelerinde yazılı olduğu, akıl gözüyle de görülecek. Öyle ise: Görmeyenin ya aklı yok, ya kalbi yok veya insan suretinde bir hayvandır!