Bediüzzaman Siirt’te henüz 16 yaşlarındadır. Onun hayatı şarkın medrese geleneğini sorgulayan bir şekilde biçimlenmiştir. Siirt’teki hayatında gerek alimler gerekse okutulan kitaplar ile olan münasebeti gelenek içinde bir ihtilaldir. Bu yüzden çevresindeki alimler onun karakterini kavramakta şaşkınlığa düşerler. Olaylara topyekün bir nazarla bakan bir göz bu kişiliğin bir hedefe doğru hazırlandığını, bir ilahi hat üzerinde götürüldüğünü görür, ama  böyle bir bakış yok, sadece hayret eden alimler var. Kendisinin de bu konuda net bir yorumu yok, gaybi bir elin tasarrufunda olduğu aşikar.

Molla Abdullah’ın yanında bir müddet kaldıktan sonra Siirt’e gelir. Orada bulunan Molla Fethullah Efendinin medresesine gider. Molla Fethullah, Molla Said’e, "Geçen sene Süyûtî okuyordunuz, bu sene Molla Cami’yi mi okuyorsunuz?" Bediüzzaman, "Evet Cami’yi bitirdim" der.

Molla Fethullah, hangi kitabı sordu ise, "Bitirdim" cevabını alınca tahayyürde kaldı. Bu kadar kitabı bitirdiğini, hem de az zamanda bitirdiğini aklına sığıştıramadı; taaccüp etti ve dedi, "Geçen sene deli idin, bu sene de mi delisin?" 

Bediüzzaman, "İnsan başkasına karşı kesr-i nefs için hakîkati ketmedebilir, fakat babadan daha muhterem olan Üstadına karşı hakîkat-i mahzdan başka birşey söyleyemez. Emrederseniz, söylediğim kitaplardan beni imtihan ediniz" der. 
Molla Fethullah hangi kitaptan sordu ise, cevabını güzelce verir. Bunun üzerine, bu muhavereyi dinleyen ve bir sene evvel Said’in hocasının hocası bulunan Molla Ali-i Suran namındaki zat, kendilerinden ders almaya başladı. 

Molla Fethullah, “Pekala, zekada harikasınız; fakat hıfzınız nasıldır Makàmat-ı Harîriye’den birkaç satırını iki defa okumakla hıfz edebilir misiniz?" diyerek kitabı uzatır.

Molla Said, alarak, bir yaprağını bir defa okumakla hıfz etti ve okudu. Molla Fethullah, "Zeka ile hıfzın ifrat derecede bir kimsede tecemmuu nadirdir" diyerek hayrette kaldı. 
Bediüzzaman, orada iken Cem’ü’l-Cevami kitabını, günde bir-iki saat iştigal etmek üzere bir haftada hıfz etti.

Bu hal Siirt’te şuyû bulmuş ve Molla Fethullah ulemaya, "Bizim medreseye gayet genç bir talebe geldi, her ne sual ettimse bilatevakkuf cevap verdi. Bu yaşta zekasına ve ilmine ve fazlına hayran kaldım" diyerek, pekçok metheder. 

Bunun üzerine, ulema bir yerde toplanarak, Bediüzzaman’ı davet ederler. Bediüzzaman, intihab ettikleri bütün suallerine bilatereddüt cevap verirken, Molla Fethullah’ın yüzüne bakıyordu. Sanki kitaba bakıyor gibi kendilerinden okuyarak cevap veriyordu. Bunu gören ulema, Bediüzzaman’ın harikulade bir genç olduğuna hükmedip, fazîletini takdir ve sena ettiler. Bu hal etrafta işitilir; ahali, kendisine veliyyullah derecesinde ihtiram eder ve o nazarla bakarlar. 

Bu vaziyet, ikinci derecede bulunan birtakım alim ve talebelerin rekabetlerini arttırdı. Genç, tecrübesiz talebelerden bir kısmı, ilmen mağlûp edemedikleri Bediüzzaman’ı kavga yoluyla iskat etmek teşebbüsünde bulunmuşlarsa da, meseleden haberdar olan Siirt ahalisi, kendisini kurtarmak için gelmişler. Ahali nazarında büyük mevkii olduğu için, derhal muarızların ellerinden kurtarılmış ve bir odaya bırakılmış ise de; Bediüzzaman, mesleklerine olan fevkalade muhabbetinden, muarızları bulunan talebe ve ehl-i ilmin cahillere hedef olmamasını temin için, kendisi odadan çıkıp, muarızları tarafından telef edilse bile ehl-i ilmin işine cahillerin karışmamasını müdafaa eder. Bu ihtilafı kaldırmak maksadıyla herhangi bir talebeye, "Beni öldürünüz; ilmin haysiyetini muhafaza ediniz!" diyerek yüzünü çevirmiş ise de hiçbir talebe kendisine hücum etmemiş ve nihayet, ihtilaf bertaraf edilmiştir. Siirt mutasarrıfı, kendisini muhafaza etmek üzere yanına çağırdığı ve o talebeleri nefyedeceği haberini tebliğ etmeye gönderdiği jandarmaya karşı Bediüzzaman, "Biz talebeyiz, birbirimizle döğüşürüz, barışırız. Binaenaleyh, mesleğimiz haricinde bulunan birisinin bize karışması muvafık olmadığından gelemeyeceğim ve hata da benimdir" cevabında bulunarak, jandarmaları reddetmiştir. 

Bu esnada 15-16 yaşlarında bulunuyordu. Lakin, kuvve-i bedeniyece pek çevik ve metîndi. "Saidü’i-Meşhur" lakabıyla yad ediliyordu. Siirt’te, kendisiyle mücadele etmek isteyen bütün arkadaşlarına karşı hazır bulunduğu ve aynı zamanda sorulacak bütün suallere cevap vereceğini, kimseye sual sormayacağını îlan etti.

Şirvan’da bulunduğu sırada Siirt civarından birisi gelerek, "Aman efendim, Siirt’e bir çocuk gelmiş; kendisi 14-15 yaşında, umum ulemayı ilzam etti. Şunu ilzam etmek için sizi davete geldim" der. 

Molla Said de şu davete icabet ederek Siirt’e gitmek için hazırlanır. Yola düşerler; iki saat gittikten sonra, o küçük hocanın evsaf ve kıyafetini sorar. O adam: 
"Efendim, ismini bilmiyorum; fakat ilk gelişte derviş kıyafetinde olup omuzunda bir posteki vardı. Bilahare talebe kıyafetine girdi ve umum ulemayı ilzam etti." 
Bunu dinlediğinde, kendisinden bahsettiğini ve bir sene evvelki kendi vukuatının şimdi civar köylerde şuyû bulduğunu anlayarak geriye döner, davete icabet etmez. 

Bediüzzaman’ın Siirt mekanları onun hazırlık döneminin harikalıkları ile doludur. Onun hayatındaki her şehir ona büyük katkıların mekanlarıdırlar, Siirt de bunlardan biridir.