Üstad Bediüzzaman hemen her bahsi, bir ayet-i kerime ile başlatır. Böylece yazacağı şeylerin, o ayetin feyzinden bazı katreler olduğunu gösterir. Fakat ayetin mealini vermez. Diğer tefsirlerin yaptığı tarzda açıklamalara girişmez. Onları önemsiz gördüğünden değil, öteki tefsirlerde zaten yapıldığından ötürü onlara havale eder. 

Anlatırken akla hitap eden deliller gösterir, bazen misaller verir, bazen hikâye zikreder. Kur’an’dan başka kaynağa müracaat etmez. Yeri geldiğinde hafızasından ilgili hadis-i şerifleri nakleder. Bu, onun hayatının son otuz beş yılını sürgün ve hapislerde geçirmesine verilebilir.

Fakat bunun ötesinde o, İmam-ı Rabbanî’nin (rh.a) “Tevhid-i kıble et!” tavsiyesini tutmak için böyle yaptığını şöyle anlatıyor:

“Cenâb-ı Hakkın rahmetiyle kalbime geldi ki: Bu muhtelif turukların başı ve bu cetvellerin menbaı ve şu seyyarelerin güneşi Kur’ân-ı Hakîmdir. Hakikî tevhid-i kıble bunda olur. Öyle ise, en âlâ mürşid de ve en mukaddes Üstad da odur. Ona yapıştım. Nâkıs ve perişan istidadım elbette lâyıkıyla o mürşid-i hakikînin âb-ı hayat hükmündeki feyzini massedip alamıyor. Fakat ehl-i kalb ve sahib-i halin derecâtına göre, o feyzi, o âb-ı hayatı, yine onun feyziyle gösterebiliriz. Demek, Kur’ân’dan gelen o Sözler ve o nurlar, yalnız aklî mesâil-i ilmiye değil, belki kalbî, ruhî, hâlî mesâil-i imaniyedir. Ve pek yüksek ve kıymettar maarif-i İlâhiye hükmündedirler.” (Mektubat, s. 331)

İşaratü’l-İ’caz tefsirinde ise farklı bir usul takip etmiştir. Öteki klasik tefsirler gibi sure ve ayet sırasını gözeterek ayetleri açıklamış, ayetler içinde cümlelerin, cümleler içinde kelimelerin tam yerinde olduklarını, Kur’an’ın belagat inceliklerini, üslup özelliklerini göstermekle beraber bilimsel tefsir ile sosyolojik tefsirin mükemmel örneklerini vermiş, Kur’an’ın mucize olduğunu çeşitli yönlerden ortaya koymuştur.

Önsözünde belirttiği gibi, ona göre, fertler ne kadar âlim de olsalar, Kur’an’a mükemmel tefsir yapamazlar. Onun için çeşitli alanlarda uzmanların teşkil edeceği yüksek bir heyetin bu işi yapması sağlanmalıdır. Ancak, zorlayıcı şartlar bu eserini devam ettirmesine mâni olmuş, bir numune olmak üzere bir ciltlik tefsir elimizde kalmıştır.