Muhâkemat kitabı Üstad Bediüzzaman'ın kaleme aldığı bir tefsir girişidir. Tefsir problemlerini ele alıp çözümler sunar. Bu açıdan âlimlerin reçetesi mahiyetindedir. Bundan dolayı Üstad Arapça Muhâkemât'ın adını "Reçetetü'l-Ulemâ" olarak ifade eder. Muhakemat'ta Üstad, sıddık bir âlim ve "âkıl" konumunda olarak ilimde "ehass-ı havas" boyutuna yükseldiği için "havas" konumunda olanların problemlerini görüp tedavi ediyor. Onların enaniyetlerinin nasıl oyuncağı olduğunu, farklı farklı tepkilerinde okuyor. Enaniyetlerini terbiye edecek ve ıslah edecek şekilde bir üslupla Muhakemât'ı veciz ve kimi zaman kapalılığıyla mu'ciz şekilde kaleme alıyor ki terbiye olsunlar. Bu açıdan Muhakemât'ı anlama noktasında düşünce ve enaniyet terbiyesi ön plandadır. Hakikatperestlik sıddıkıyetinden hissesi olmayan kişilerin bu kitabı anlaması zordur. Üstad bu sıddıkıyet noktasında seviyesini "80.000 kişiden ders aldım" diyerek ifade eder. Tanıştığı ve gördüğü herkesi bir kitap gibi okur, inceler, dinler. Ondan bir hakikati ders alır. Bu şekilde binlerce konuda ilim ve hakikat sahibi olur. İlim ve hakikate tabi olduğunu ortaya koyar. "Muhatabımı da böyle isterim" şeklinde beyanlarla kendisi gibi olmaya davet eder. Bu çerçevede Muhakemat ve Risale-i Nur külliyatına bakmak çok faydalı olacaktır. (Muhakemat Dersleri, 1. Makale-Giriş)

İslamiyetin ve İslam toplumunun gelişiminin önündeki en büyük engellerden bir tanesi, fenlerin tespitleri ve buldukları kanunlar ile, dinin bazı zahirî ve mecâzî ifadeleri arasında var görünen çelişkidir. Oysa hakikatte bir çelişki yoktur. Kur'an ve hadislere bütünden bakıldığında, âyetin âyeti tefsiri ve tahdidi boyutuyla, hadisin hadise, hadisin ayete müfessiriyeti boyutlarıyla mesele ele alınırsa dinde fenlerin kabul etmeyeceği hiç bir husus yoktur. Fenler, kevnî kanunları keşfederek yol alır. Kanunu bulmadıkları sürece fennî iddialara ancak zan boyutuyla bakılması fenlerin kendisinin ifadesidir. Hiç bir fen adamı diğer fen adamının ortaya attığı teoriye mutlak manada itibar etmez, bilakis eleştirir. Hatta ispat ettiği kanunu dahi eleştirel gözle inceler ve test eder. Bu yönden bakıldığında ispatsız iddialarıyla fenler, fen adamları dine ve vahye karşı diklenemez, zıtlaşamaz. Bir kanun gibi net ispat ederse, bu durumda dindeki ifadeler alenen o kanunla zıtlaşıyorsa bu durumda vahiy cümlesi “sıddıkâne” bir duruşla “te'vil” edilir. Bunu ise “ilimde rüsuh sahibi” olanlar yapabilir. Onlar ise akıllarını Allah’a satmak, şahsiyet ve enaniyetini vahiyde eritmekle bu seviyeyi elde ederler. Veraset-i nübüvvet nurları ve sırlarına mazhar sıddık fedakârların bu hakikatli te’villeriyle, dinin kâinat ve sosyal hayat ile bütünlüğü temin edilir. Fenler hakikat noktasında İslamın çocuğu, hizmetkârı, kölesi konumundadırlar. (Muhakemat, Giriş)

Üstad Bediüzzaman, Muhakemât kitabını niçin yazdı? Ulema ile mübahese ve münazaralarında gördüğü problemlerden dolayı... Kitapta ilk planda İsrailiyat mevzuunun İslam'a verdiği zararı gözler önüne sunuyor. Ayrıca mecaz ile hakikatin karıştırılmasının diğer bir problem kaynağı olduğunu vurguluyor. Hak hikmete ve hakikat ilmine dayanan İslamiyet bir şuur güneşi iken hayal ve vehimlerle perdelendi ve gizlendi, diyor. Bu noktada İslam âlemi içindeki ve ecnebilerdeki İslamiyetin hakikatine karşı tavırların sebebi olan unsurları tespit eder. Çarelerini beyan etmek için meselenin köküne, problemin nerde ve ne zaman başladığına dair tespitler yapar. Sonra çareyi sunar. Sonra İslamiyetteki muvazeneli boyutu gözler önüne serer. Sonrasında insanlığın gelecek zamanının İslamiyetin hikmetleri ve imanın ilimlerine doğru yürüdüğünü görüp göstererek sonsuz bir ümidi ve şevki aşılamaya çalışır. (Muhakemat, 1. Makale, Giriş)

İnsan zihni tefekkür eder. İlim elde etmek ister. Fakat sathî ve yüzeysel kalması zihni köreltir, ruhu hasta eder. İnsan ruh hastası haline gelir. Bediüzzaman bu konuyu Kızıl Îcaz isimli eserinde işler. Bu kitabını zihnin sathîliğini kırmak, insanları dikkate, odaklanmaya, tedkike alıştırmak için yazdığını ifade eder. Hatta kitabı mecburen dikkatle okunsun diye kitabını kasden veciz şekilde yazdığını belirtir. Bilginin sindirilmesi konusu, bilginin seviyeleri hakikati eşliğinde ele alınması gereken çok hayatî bir mesele olup dikkatlerden kaçmaktadır. Sathî zihnin mahsulü olan soğuk enaniyetler ve şahsiyetçilik belası ümmette yayılmaktadır. Hakiki ilim, kişiyi kendi gözünde küçültüp Allah’ın büyüklüğünü gösterip diğer insanlara hilim ve şefkat ile muamele etmeyi ders verip kişiye kendi hatalarını detaylıca göstermesine mukabil, sathî zihin sahiplerinden etrafa yayılan sindirilmemiş bilgi kusmuklarından başka bir şey olmamaktadır. Üstad ilmin sindirilmesi konusunu Kızıl Îcaz kitabının sonuna koyarak kitabına hitam-ı misk yapmıştır. Evet bilgiyi sindirten temel unsur tedkiktir. Tedkik işin sır perdelerini açmaktır. Meselenin sırlarını bilmeyen o meseleyi sindiremez. (Kızıl İcaz, Son İ’lem)

Risale-i Nur Külliyatının özü ve özeti dört kelime ve dört kelam olarak Üstad tarafından Katre Risalesi'nin mukaddemesinde ifade edilir. Dört kelime: Mana-yı harfî, mana-yı ismî, niyet ve nazar olarak Üstad tarafından sıralanır ve kısaca izah edilir. Mana-yı harfî ve mana-yı ismî Arapça sarf ve nahiv kitaplarının temel bir dersidir. İsim ile harf arasındaki mana farkını anlatır. Üstad gramere dair bu farkı, kâinata uygulayarak tevhide dair bir tecdid yapar. Müceddid olduğunu gösterir. Niyet ve nazar, insanı insan yapan şuur-üstü yönlerdir. Niyet, “irade” ye dayanır. Nazar ise, “aklın penceresi ve gözü” dür. Akıl ise, zihnin çalışma şeklidir. Akıl ile öğrenir, niyet ile yaşarız. Bu manada nazar, imanı ve inancı elde ettirir. Niyet ise, amelleri şekillendirir. Üstad'ın vurguladığı üzere bütün kitaplar, hatta mukaddes kitaplar ve yaratılış âlemi bu dört kelime üstüne döner. Mana-yı harfî, tevhid bakışı ve Hakiki Varlık olan Allah ile her şeyin var olabildiğini, her şeyin Onun mahluku olduğunu bulma ve bilmedir. Nesneleri, kendi başına var olma algısından azletmedir. Bizzat var olmayı sadece Allah'a mahsus görmedir. Mana-yı ismî her şeyi bizzat kendisi var olarak görmedir. Bu manada mana-yı harfî, tevhid ve imanın temelidir. İnsan nazar ve niyetini, mana-yı harfî ve mana-yı ismî şeklinde 2 tarzda kullanabiliyor. Mana-yı harfî üzere bir nazar, kişiye tevhid, ilim, iman, nur ve hikmet hediye eder. Mana-yı ismî ile bir nazar ise şirkin, cehl-i mürekkebin, gafletin ve dalaletin sebebidir. Niyette mana-yı harfî, amellere ihlas kazandırır; ameli Allah için, Allah rızası için yapmaya çevirir. Niyette mana-yı ismî ise, ameli kendi memnuniyeti, menfaati, başkalarına kendini sevdirme ve nihayetinde riya için yapar hale getirir. Bu manada ihlas, mana-yı harfî ile kazanılır; niyette mana-yı ismî ise, münafıklığın temelidir. (Badıllı Mesnevi-i Nuriye, Katre, Mukaddime)

Üstad Bediüzzaman'ın 40 yıllık ömrümün mahsulü dediği iki cümle "Rabbi Vâhidün" ve "Ene" dir. Yani "Rabbim, birdir, tektir" ve "Benlik hakikati." Hayat yolculuğu insan ruhu için bir terbiyeden ibarettir. "Elestü bi Rabbiküm" hitabıyla başlayan ruhun yolculuğu, "Men Rabbüke" sorusuyla meyvesini verir. Hayat, Rabb ismiyle ihata edilmiştir. Elest bezmi, evvel-i rububiyete; kabir meclisi, âhir-i rububiyyete; dünya hayatının maddi cephesi zâhir-i rububiyyete ve manevi cephesi ise batın-ı rububiyyete bakar. Ruhun karşılaştığı her şey Celal ve İkram sahibi Rabb'in bir rububiyet tecellisidir. Nimet, rahmet-i rububiyyet; musibet, hikmet-i rububiyettir. Nimet, şükr-ü Rabbânî ister; musibet, hamd-i rububiyet-i sübhaniye ister. Terbiye, kemale erdirmek içindir. Kemale eren kişi, önce acz ve fakrıyla gelişip ubudiyette kemale erer. Ubudiyetin kemali, hilafet yönünün kemal yolculuğunu başlatır. Hilafetin kemali ise, başkalarını kemale erdirecek şekilde ilerlemektir. Kur'an bu seviyeye gelenlere "Rabbânî" ve "İbâdürrahman" adını verir. Onlar rububiyyetin tesirli dili, Rahmaniyetin merhametli sevgisi olurlar.

İnsan benliği, insanın şuurudur. İnsan benliği, bir ölçü ve kıyaslama birimidir. Cenab-ı Hakk kendisinin sıfatlarını ve özelliklerini tecelli tarzında insan benliğine bir his olarak koymuştur. Rububiyet hissini insana vermiş fakat Rububiyet hakikatini vermemiştir. Kendindeki hissi gerçek zannederek, bu hissin gereğini sergilemeye çalışan kişi "Ene Rabbükümü'l-A'lâ" diyen bir Firavun haline gelebilir. Fakat kendindekinin bir his olduğunu, bu hissin Cenab-ı Hakk'ın hakikatli Rububiyetini tanımak için verildiğini fark eder ve marifet-i Rabbaniye için kullanırsa benlik ve şuur, ebedî surette gelişecek bir yolculuğa girer. Şükrü, şükürler doğurur; hamdi, yeni hamdler yapabilme fırsatı kazandırır. İlmi, hikmeti, aşkı, şevki, şükrü, hamdi her yönü ezelden ebede yayılacak derecede bir külliyet ve mutlakıyet elde eder. Kazanan neticede yine insan olur. (Badıllı Mesnevi-i Nuriye, Katre Risalesi, Mukaddime, 3 ve 4. Kelamlar)