Modern bilimcilerin bir kısmı (laikler) Müslümanları  'Allah ve Kur'an kutsal sayılıp eleştiriye kapatılıyor, böylece bilimin dinle ilgilenmesi engelleniyor' diye eleştiriyorlar. Buna karşılık diğer bir kısım (seküler) bilimciler ‘zaten bilim kendine nötr bir alan (kamusal alan) oluşturup burada tartışmaktadır (dolayısıyla özel hayatta din tartışılamaz)’ demekle dinle bilimi karsılaştırmamayı destekliyor. Seküler anlayış bu şekilde özgür bir ortam oluşturarak salt elde edilmiş bilginin egemenliğinde bir yaşamı öngörmektedir; laik düşünce ise bunu bile öngörmeyip bu nötr alanı dahi dindışılıkla düzenlemeye çalışmaktadır.

Her iki düşünce de açmazlardan kurtulamamıştır. Bilimin evrensel olma gereği, bilimi kendi içinde kendine ters sonuçlar vermekten kurtaramamıştır. Evrensel bilgiyi ya da bilgi organizasyonunu, belirlenen bilimsel ölçülerle yapmanın imkânı bulunmamaktadır. Bilginin evrensel doğruya (inanca) dönüşme zorunluluğu kendi nötr alanını patlatan bir sonuç vermiştir. Bilim adamının beyninde patlayan bu baloncuklar bir akıl hastalığına dönüşmekten başka bir sonuç vermemektedir.

Bu noktada, Bilimin en büyük problemi bilgiye iman etmesidir. Bilginin inanca dönüşmesi bilimsel (modern) bir sonuç değildir. Ancak imana karşı kendi imanını oluşturma kompleksiyle, her bilgiyi bir ‘imana’ dönüştürme, bunun aksini reddetme, ‘hatta bilimde küfre girme’ bozgunculuktan başka birşey değildir. Çoğu zaman bir öncekini reddeden bilgiler birbirini reddeden ‘imanlar’ oluşturmaktadır.

Dinlerde bu durum tam tersidir. Her din bir öncekini tasdik ederek nübüvvet silsilenin yeni bir halkası olmuştur. Peygamberler (a.s.) arası bir tartışma görülmüş müdür? Dini bilimden ayıran da budur.

Bu noktada, bilimin asıl, dinin ayrı ve bölük pörçük inançlar olması sanısı yanlıştır. Sorgulama, bilimin (modern) temelidir. Dine eleştiriyi koyarsanız dinin kendini ya da başka dinleri eleştirmesini beklersiniz, ki bu hiç olmamış birşeydir. Dinlerin insan yapısı olduğu düşüncesi bu hataya sebebiyet veriyor (mesela bunlardan birisi; dinin de devlet gibi doğup öldüğü ve artık yenilerinin çıkacağını söyleyebiliyor).

İslam’da iman için ortası yoktur; ya kabul ya red vardır, ortada olmak küfür tarafında kalmaktır, bu konuda ortayol yoktur. Bediüzzaman'ın deyimiyle, ya Kur'an Allah kelamıdır deyip öyle okuyacaksınız ya da insan sözü görüp en düşüğe indireceksiniz; tarafsızlık yoktur. Çünkü Kur'an diğer bütün kitaplardan farklıdır, ya hepsinin altında ya da en üstündedir, başka bir yeri olamaz  (Kur'an bunun için meydan okuyup insan sözüdür diyenlerden bir ȃyetin benzerini getirmelerini istiyor). Aynı şekilde, herşeye ya Allah’ın eseri olarak bakacaksınız ya da en aşağıya düşürüp değersizleştireceksiniz; ya elmastır, ya da cam parçasıdır diyeceksiniz. Bu noktada Kur’an'ı anlama problemi ya da yanlış anlama durumu olamaz, ancak muhatabiyet sorunu oluşabilir, ki bu çoğu Müslüman için de geçerli bir durumdur.

Bilimin kendini tanımlamada ya da anlatmada kullanacağı bir dil arayışı her dönemde (yoğun materyalist zaman da bile) bilgidışı bir söyleyişi, bilgiden soyutlanmış bir kavrayışı yakalayacak bir üst anlatımı bulma ve kullanma durumunda olagelmiş, çoğu zaman kâhinlere, büyücülere sığınacak (ispirtizma, manyetizma, kehanetler, burçlar)  onlardan üst algı ve söyleyiş yakalayabilme durumuna düşebilmişlerdir.
Bediüzzaman’ın dediği gibi, bilginin zirvesinde ama cehl-i mutlakta; müthiş bir disiplin içinde (bilimsellik sözü örneğin), ancak en ahmakça sözleri söyleyebilecek kadar ‘saçma’layabilecek (bilimdışı) bir ruh hali (Bediüzzaman bu duruma hezeyan der) içinde olabilecek zavallılığa düşebilmektedir.