Bediüzzaman Van’da iken doğu bölgesinde bir üniversite açmak düşüncesindedir. Van Valisi Tahir Paşa, Erzurum alimleri ile bu konuda konuşmak isteğini görünce Bediüzzaman’a Erzurum’a gidip Tahir Paşa’nın da hocası olan Yetim Hoca ile görüşmesini salık verir. Yetim Hoca ‘ya verilmek üzere ona bir mektup verir. Paşa Bediüzzaman’a gerekli itinanın gösterilmesini söyler hocasına. Bediüzzaman bu mektubu Erzurum’a gelir Yetim Hoca’nın medresesinde ona verir. Bediüzzaman Kurşunlu Medreseleri Müderrisi Süleyman Efendi’ye gönderilir. Hoca’ya Bediüzzaman takdim edilir. Süleyman Efendi Bediüzzaman’ın şöhretini duymuştur ve ona “sen meşhur Molla Said misin?, diyerek ayağı kalkar ona çok alaka gösterir. Talebesi Hacı Faruk Bey’e Bediüzzaman’ı medresesinde misafir etmesini söyler. “Sen beyzade olduğun için ona daha iyi hizmet edersin “der. Faruk Bey daha sonra uzun yıllar hocalık yapmış çok talebe yetiştirmiştir. Kırkıncı Hoca’nın da hocasıdır.

Bediüzzaman bir aydan fazla Kurşunlu Medresesinde kalır, Kırkıncı Hoca o günleri Faruk Bey’in gözlemlerinden anlatır:

“Çok nezih bir insandı, temizliğe çok dikkat ederdi. Üç dört günde bir çamaşırlarını ben yıkardım. Kahvaltısını hazırlardım, Öğle ezanı okununcaya dek Kur’an okur, bazan da medresede mevcut eserleri mütalaa ederdi. Bir kahve içer dışarı giderdi. Halkın arasına katılmak onlarla görünmek isterdi, Cuma namazlarını Esat Paşa Camiinde, ikindi namazlarını Gürcü Kapı Camiinde, diğer namazlarını kurşunlu ve diğer camiilerde kılardı. Geldiği mevsim bahar ayı olmasına rağmen itinalı yürür, çizmesi bile çamur olmazdı.

Her akşam katıldığı evlerde Erzurum üleması ile sohbetler ederdi. Bu sohbetlerde astronomi ve diğer ilimleri dinle imtizaç ettirerek anlatır, yeni bir bakış açısı yayardı. İslam dünyasının ilerlemesinin dini ilimlerle dünyevi ve fenni ilimlerin birlikte okunmasına bağlı olarak telakki ederdi. Bu geleneksel ve klasik din yorumları dışında y eni bir yoldu, bütün hayatında değişmeyen bakış açısı bu idi. Avrupanın yeni ilimlerle islam dünyasını özellikle Osmanlıyı mağlub etmek istiyor, sadece dini ilimler kafi değil. Bu bölgede açılacak bir üniversitede fenlerle birlikte, civardaki diğer islamı ülkelerin tarih ve coğrafyalarını, dillerini birlikte kaynaştırıp ortaya ortak bir dünya yorumu ve din telakkisi meydana getirmenin gereğinin anlatıyor, ve bu şekilde bir ilim ve dünya anlayışı ile islam birliği idealinin gerçekleşeceğini söylüyordu. Yoksa durup dururken böyle bir birliğin gerçekleşmesinin imkansızlığını anlatıyor onların fikirlerini alıyordu.

Onlar böyle düşünmediklerini ama böyle olmasının yerinde bir telakki olduğunu kabul ediyorlardı. Bediüzzaman ise alet ilimleri, teorik bahislerin yerine yüksek ilimlerin okunmasının daha faydalı olacağını beyan eder. Nakli ilimlerin yanı sıra akli ilimlere dikkat çekerdi. Osmanlıları çok sever, Sultan Selim’den çokça bahseder, hem idari hem dini müceddid olduğunu belirtirdi. Selefi Salihin’e hürmet eder, Gazali, Rabbani ve Geylani hazretlerinden çokça bahsederdi. Namaz kıldığında nazarları kendine çevirir, garip bir caziye yayardı etrafına. Kılık kıyafeti, endamı, bedii tavırları hayret uyandırırdı. Deri yelek ve, deri ceket giyer, ayaklarında pırıl pırıl çizmelerle dolaşır klasik ülema gibi fiziki bir yansıma göstermezdi. Her şeyi ile bedii tavırlı idi. Erzurum’da otuz gün kaldıktan sonra ülema ve ahalinin ihtiram ve muhabbeti ile Erzincana uğurlandı.

Erzurum tarih boyunca doğudan ve yukardan Rusya’dan gelen saldırıları göğüs germiş kahramanlar yatağı bir şehirdir. Bediüzzaman Erzurum çevresindeki savaşlarda Hasankale cephesinde hem savaşır, hem de kalbine ve aklına tezahür eden manaları büyük ve yeni tefsiri İşarat ül icazı at üstünde talebesine dikte ettirirdi. Böyle bir telif insanlık tarihinde yok dense yeridir. Bu kitap yeni bakış açısı ile dünyada bir çok yerde ders kitabı olarak okutulmaktadır. O sırada da yine bir hasta ziyaretine gider, bu eserlerinde geçen bir vakadır.”Ben yüz gündür başımı yastığa koyup yatamadım” diye yaptığı acı şikayetine karşı ben çok acıdım birden hatırıma geldi “Kardeşim geçmiş sıkıntılı yüz günün şimdi sürurlu yüz gün hükmündedir. Onları düşünüp şekva etme, onlara bakıp şükret. Gelecek günler ise madem daha gelmememişler, Rabbin olan Rahmanürrahimin rahmetine itimad edip, dövülmeden ağlama, hiçten korkma, ademe vücut rengi verme, bu saati düşün, sendeki sabır kuvveti bu saate kafi gelir. Divane bir kumandan gibi yapma, bütün kuvvetini bu saate karşı tahşid et, rahmet-i ilahiyeyi ve mükafattı uhreviyeyi ve fani ve kısa ömrünü, uzun ve baki bir surete çevirdiğini düşün. Bu acı şekva yerinde ferahlı bir şükret”diye karşılık vererek onu teselli eder.

Bediüzzaman 1907'de istanbul’a giderken Erzurum’a uğradığında Erzurum eşrafı ve üleması bir toplantı halinde iken Müftü Hamid Efendi onu görünce ayağı kalkarak tazimde bulunur. Bunu farkedenler ona kimdir bu zat deyince onlara “Bizim okuduğumuz Arabi derslerin külliyeleri bütün yok edilse, bu zat onların hepsini yeniden yazar “der. Bediüzzaman bu sohbetlerinde Erzurum alimleri ve eşrafının, halkının kalbini kazanmıştır.

1925‘de sürgüne gönderilirken Hasankale Deve hanlarında mola vermiştir. İstiklal savaşı gazilerinden Hacı Münir Bakan’ın evinde, üç gün misafireten kalır, Ramazan ayı dolayısı ile hazırlanan sofraya oturmaz, sütlaçtan birkaç kaşık alır, kalanını sahura bırakır. Yemek ve uykusu neredeyse yoktur, yatağının yorganını hiç açmaz, ev sahibi bu halinden dolayı sorar o da “Alemi islamın içinde bulunduğu durumdan ne yemek ne de uykuya isteği olmadığını ifade eder. Çünkü Osmanlı yıkılmış ve bütün Osmanlı değerleri de yerle bir edilmiş, yerine kimliği meçhul bir arabest dezen gelmiştir. Bediüzzaman’ın Erzurum hayatının tarihe yansıyanları değişik dönemleri yansıtır.