Bediüzzaman ilimlerin kendi lisanı mahsusları ile Allah’tan bahsetmesini ve bu şekilde ilimlerin hem ilme hem Allah’a açılan kapılarının tesisi için çalışmıştır. Eserleri bütün ilimlerden belli limitlerde lisanları ile Allah’tan bahsederler. Hem de Bediüzzaman dini ilimler ile fenni ilimlerin birlikte okunacağı bir şark üniversitesi için çalışmıştır. Hem ilme, fenne, kainata farklı bakış açılarını ihtiva eden hem de din ve sair ilimlerin birlikte okutulduğu evrensel diller ile bölge dillerinin birlikte okutulduğu bir üniversiteye kendi ıstılahınca Medreset üz Zehra der.

Bediüzzaman ilk mecliste bu gayenin müzakeresini sağlamış, 167  milletvekili onun lüzumuna inanmış ve imzalamıştır. Mustafa Kemal ve İsmet İnönü de bunlar içindedir. Bediüzzaman her zaman aklıselimini kabul ettirmiş bir şahsiyettir.
Bediüzzaman Ankara’da bulunduğu müddetçe en birinci maksadı olan Şark darülfünunun tesisi için uğraşmaktan katiyen geri durmaz.

Bir gün mebuslar heyetine der;
“Bütün hayatımda bu darülfünunu takib ediyorum, Sultan Reşat ve İttihatçılar yirmi bin altın lira verdiler. Siz de o kadar ilave ediniz. O zaman yüz elli bin banknot vermeye karar verdiler. Bunun üzerine bunu mebuslar imza etmelidirler.” Bazı mebuslar diyorlar ki, “yalnız sen medrese usülüyle, sırf İslamiyet noktası ile gidiyorsun, halbuki şimdi garplılara benzemek lazım.”

Bediüzzaman şöyle cevap verir:
“O vilayet-i şarkiye  alem-i islamın  bir nevi merkezi hükmündedir, fünun-ı cedide yanında, ulum-ı diniye de lazım ve elzemdir. Çünkü ekser embiyanın şarkta  ekser hükemanın  Garbda gelmesi  gösteriyor ki  şarkın terakkiyatı dinle kaimdir. Başka vilayetlerde sırf fünun-ı cedide okuttursanız da Şarkta her halde millet vatan maslahatı namına ulum-ı diniye esas olmalıdır. Yoksa Türk olmayan Müslümanlar Türke hakiki kardeşliğini hissetmeyecek. Şimdi bu kadar düşmanlara karşı teavün ve tesanüde muhtacız. Hatta bu hususta size bir hakikatı misal vereyim;

“Eskiden Türk olmayan bir talebem vardı. Eski medresede hamiyetli ve gayet zeki o talebem ulum-ı diniyeden aldığı hamiyet dersi ile her vakit derdi “Salih bir Türk elbette fasık kardeşimden  ve babamdan bana daha ziyade kardeştir ve akrabadır.” Sonra aynı talebe talihsizliğinden sırf maddi fünun-ı cedide okumuş. Sonra ben dört sene sonra esaretten gelince onunla konuştum. Hamiyet-i milliye bahis konusu oldu. O dedi ki, “Ben şimdi rafizi bir Kürdü salih bir Türk hocasına tercih ederim.” Ben de “Eyvah” dedim, “ne kadar bozulmuşsun?” Bir hafta çalıştım onu kurtardım, eski hakikatlı hamiyete çevirdim.

İşte ey mebuslar. O talebemin evvelki hali Türk milletine ne kadar lüzumu var. İkinci hali ne kadar vatan menfaatine uygun olmadığını fikrinize havale ediyorum. Demek farz-ı muhal olarak siz başka yerde dünyayı dine tercih edip siyasetçe dine ehemmiyet vermeseniz de her halde Şark vilayetlerinde din tedrisatına azami ehemmiyet vermeniz lazım.”
Bu hakikatli maruzat üzerine muhalifler dışarı çıktılar, yüz altmış üç mebus kararı imza ettiler.

Ali Şükrü Bey Tan gazetesinde bu üniversiteden bahseder. Hatta bu teşebbüsün doğuyu uyandıracağına dair bir de şiir yazmıştır. Hubab Risalesini de matbaasında basan Ali Şükrü Bey öldürülür, onun ölümü bir zihniyetin tasfiye edileceğinin ilk işaretleridir. Üniversitenin açılmasını başlangıçtan beri Bediüzzaman düşünmüş ve kamuoyuna sunmuştur. Mısırdaki Camiül Ezher gibi bir üniversitenin inşasını bölge, ülke, İslam dünyası için önemli bulur. Van Valisi Tahsin Bey de bu teşebbüs için çalışmıştır. Bölgedeki Kürtlerle Türklerin ilim ve dinde ortak telakkisini sağlayacak üniversite, akıl ile kalbi birleştirecek, dolayısı ile insanı birleştirecek, batının tesiri ile sapık ideolojiler yer tutamayacaktır.

Mehmet Akif’in Mısır’a gidişi ile Bediüzzaman’ın “Siyasetten ve şeytandan Allah’a sığınırım” deyip Van’a gitmesinin nedeni, siyaseti zulüm üzerine kuran mantık üzerinedir.

Üstelik o sırada Bediüzzaman bunlarla mücadelenin yanında bir de inkar fikrinin ülkeye girmesine engel olmak için Tabiat Risalesini telif eder, natüralizmin ve ateizmin en büyük kalesini bu eseri ile yerle bir eder. Bu risalenin temel temaları ile bir fen kitabı yazılmamıştır hala. Bediüzzaman’ın Medreset üz Zehra teklifi tesis edilseydi Türkiye birçok badirenin üstesinden gelecekti. Faaliyet bugünlerde uygulama alanı bulacak kadar güç kazanmıştır.