Tabiat Risalesi tabiiyyun natüralistlere cevap için yazılmıştır. Bediüzzaman ihtarda bunu anlatır: “Şu notada tabiiyyunun münkir kısmının gittikleri yolun iç yüzü ne kadar akıldan uzak ve ne kadar çirkin, ne kadar hurafe olduğu, laakal doksan muhali tazammun eden dokuz muhal ile beyan edilmiş.” Demekki okuyanlar bu dokuz örneği doksana çıkarma hakkına sahipler. 

Şu cümleler ise filozofları eleştirdiği cümlelerdir: “Bu kadar zahir ve aşikare bir hurafeyi  nasıl bu meşhur akıl feylesoflar kabul etmişler, o yolda gidiyorlar? Evet onlar mesleklerinin iç yüzünü görememişler.“ Bu cümlede perde arkasında bir filozoflar grubuna cevap veriyor. Ama isim vermiyor, çünkü bu maddiyyun materyalist ve tabiiyyun natüralist filozoflar Milattan 500 yıl önceden bugüne kadar fikirlerini taşımışlar, bayrak yarışı gibi inkarı yaymışlar. 19. yüzyıldan sonra daha sistematik düşünen natüralist ve materyalistler gelmiş. 

Bediüzzaman cümlenin başında “Tabiiyyunun münkir kısmının gittikleri yolun” diyor. Bu cümleyi söyleyen bu natüralistlerin müsbet düşüncelilerinin de var olduğunu gösteriyor. Evet bunlar var. Onlar makul düşünüyor. Bu da ayrı bir konu. Bu küçük cümleyi kuran şahıs onların hepsini tanıyor ve ikiye ayırıyor; münkir ve müsbet olanlar. Bu fikir Türk ordusunun Yunana galip olduğu bir sırada Ankara’ya taşınmış. Ama bu fikir 2500 yıllık bilim tarihi maskesi altında kimya-fizik ve biyoloji ile bugünlere taşınmış. 

Fen bilimleri objektiflik derken inkarı yutturacak manasında bu konulara girmezler hala. Bugün fen bilimleri ateizmin mektebidir. Natural Filozofia isimli doktora tezinde Marks atomun hareketinin kendi dışında değil kendi içinde olduğunu söyler hareketin dışardan değil kendi kendine olduğunu söyler. Burada rastlantı kelimesiyle Bediüzzaman alay eder. Eczane misalini verir ve der, “Acaba hiçbir cihetle imkan ve ihtimal var mı ki o şişelerden alınan muhtelif miktarlar, şişelerin garip bir tesadüf veya fırtınalı bir havanın çarpmasıyla devrilmesinden … beraber gitsinler ve toplanıp o macunu teşkil etsinler.“

Bediüzzaman natüralistlerin "rastlandı" dediğine “garip bir tesadüf“ der, cümlenin muhatabı onlardır. Tesadüf iş yapmaz, ama burada tesadüf ötesi garip bir tesadüf söz konusudur. Yani muhatap bu üç bin yıla yakın atomistler denen gruptur.

Materyalist ve natüralistlerin iki büyük silahı var biri atom diğeri ise enedir. Bu yüzden Marks atomu tesadüfe bağlamakla yaratılışı tesadüfe veriyor. Yıkmak istediğini iyi hesap etmiş. İkibin yıl önceki bir fikri güncellemiş. Sistematize etmiş. Bediüzzaman da onun yıktığını zannettiği atom konusunu eserlerinin birçok yerinde sistematize etmiş. Biri ateizmi diğeri uluhiyyeti sistematize etmiş. 

Tabiat Risalesi aslında uluhiyyetin felsefesidir. Bu yüzden bu adamlara kızar. “Senin gibi bu meselelerde zerre kadar aklı olmayanın bir zerresine bin Eflatun kadar bir ilim ve şuur vermek bin derece divanece bir hurafeciliktir.“ Senin gibi derken muhatabı bir kişi değil bir grup. Burada protopip olarak konuşmuş Bediüzzaman. Ve yine, “tabiiyyunların fikr-i küfrileri ne derece daire-i akıldan hariç saptığını“ der. Muhatap natüralist ve metaryalist filozoflardır, dolayısı ile onların fikirlerinin yıktığı saf insanların imanıdır. Şu cümlede ironik olarak Marks ve bendelerinin fikrini anlatıyor, çünkü onlar atomun dışardan bir güçle alemin dışarıdan bir tanzim eli değil kendi kendine tanzim ettiğini söylüyor. “Hariçten kimse müdahale etmeyip o saray içinde o eşyadan birisi o sarayı müştemilatıyla beraber yapmıştır” denmesi bunu gösterir. Tabiiyyun fikrini taşıyana “vahşi“ der.  Onlara öyle kızar ki “ahmakul humakadan tahammuk etmiş sarhoş ahmak“ der. Bunlar bir takım insanlara söylenmiştir.

Otuzuncu Lemanın altıncı nüktesinde atomun hareketi konusundaki materyalistlerin yanlış anlayışını anlatır. “Maddiyyun denilen bir kısım ehli dalalet zerrattaki  tahavvülat-ı muntazama içinde hallakiyet-i ilahiyenin ve Kudret-i Rabbaniyenin bir cilve-i azamını hissettiklerinden o cilvenin nereden geldiğini bilemediklerinden ve o kudret-i Samedinayenin cilvesinden gelen umumi kuvvetin nereden idare edildiğini anlayamadıklarından madde ve kuvveti ezeli tevehhüm ederek zerrelere -atomlara-   ve hareketlerine asar-ı ilahiyeyi isnad etmeye başlamışlar.” 

Bu cümleler maddiyyunun bütün iddialarını ve yanlışlarını bilen biri tarafından söylenebilir. Üstelik onları tasnif ediyor. Ehli dalalet bir kısım değil ki materyalistler onların bir kısmı “maddiyyun denilen bir kısım ehl-i dalalet” cümlesi bunu gösteriyor. “Otuz beş senedir feylesoflara vuruyorum“ diyen şahıs onların müsbet-menfi bütün iddialarını biliyor. Aynı bahiste onlara “bu herifler“ diye hitap eder. Bediüzzaman kızdığı kişilere herif der. ”Maddiyunları boğduran zerrat maddesi“ cümlesi yine materyalistlerin nasıl atomda boğulduğunu bilen birinin sözüdür. Bu konudaki fikirleri bir kitap keyfiyetindedir. 

İsmi Kayyum’a ait meselelerini de “Birinci Şuaı maddiyunlara baktığı için“ diyor. Bu risaleyi okuyan için de bir şart koyar “bu risaleyi okuyan eğer mütefennin değilse…“ Yani Bediüzzaman birçok şeyden haberi olan, felsefe tarihinden haberi olan bir insan tipi, nur talebesi profili arzu etmemiş mi? Ne dersiniz. Daha neler neler?